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CBA
Centro de Biotecnologia da Amazonia
IFAM-Iranduba
IFAM - Campus Iranduba
CDC
Centro de Dados Compartilhados
IFAM-Itacoatiara
IFAM - Campus Itacoatiara
CENSIPAM
Centro Gestor e Operacional do Sistema de Proteção da Amazônia
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IFAM - Campus Manaus Zona Leste
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Colégio Militar de Manaus
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IFAM - Campus Maués
CPRM – Serviço Geológico do Brasil
Companhia de Pesquisa de Recursos Minerais – Superintendência de Manaus
IFAM-Parintins
IFAM - Campus Parintins
EMBRAPA
Embrapa Amazônia Ocidental
IFAM-Presidente Figueiredo
IFAM - Campus Presidente Figueiredo
BEPiD
FUCAPI - Laboratorio do Projeto BEPiD
IFAM-Tefé
IFAM - Campus Tefé
FCECON
Fundação Centro de Controle de Oncologia do Estado do Amazonas
Mamirauá
Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá
FAPEAM
Fundação de Amparo e Pesquisa do Estado do Amazonas
IFAM
Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Amazonas
FUAM
Fundação de Dermatologia Tropical e Venereologia Alfredo da Matta
INPA
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia
HEMOAM
Fundação de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas
SECTI
Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação
FMT-HVD
Fundação de Medicina Tropical do Amazonas
SUSAM
Secretaria de Saúde do Estado - (Projeto Piloto-MS)
FHAJ
Fundação Hospital Adriano Jorge
ISB
UFAM Coari - Instituto de Saúde e Biotecnologia
FIOCRUZ
Fundação Oswaldo Cruz
IEAA
UFAM Humaitá - Instituto de Educação, Agricultura e Ambiente
RGHU/HUGV
Hospital Universitário Getúlio Vargas
ICET
UFAM Itacoatiara - Instituto de Ciências Exatas e Tecnologia
IFAM-Manacapuru
IFAM - Campus Avançado Manacapuru
ICSEZ
UFAM Parintins - Instituto de Ciências Sociais, Educação e Zootecnia
IFAM-Boca do Acre
IFAM - Campus Boca do Acre
UEA
Universidade do Estado do Amazonas
IFAM-Coari
IFAM - Campus Coari
UFAM
Universidade Federal do Amazonas
IFAM-Humaitá
IFAM - Campus Humaitá

Existem três categorias de instituições usuárias:

Primarias
Instituições federais de ensino superior, unidades de pesquisa do Ministério da Ciência e Tecnologia e agências do MEC e do MCT
Secundárias
Outras organizações de ensino superior e pesquisa, museus, bibliotecas, hospitais e organizações que requeiram colaboração em atividades permanentes de educação ou pesquisa com instituições usuárias primárias.
Temporárias
Instituições que colaborem com usuárias primárias e/ou secundárias em projetos transitórios.